Die Mathias Kleyboldt Stiftung fördert außergewöhnlich begabte Schüler, in Ausnahmefällen auch Studenten, die sowohl exzellente akademische Leistungen als auch darüber hinaus großes Engagements, Interesse und außergewöhnliche Neugier auf Themen jenseits des eigenen Horizonts vorweisen können. Die Stiftung arbeitet seit mehr als 20 Jahren eng mit dem Sächsischen Landesgymnasium Sankt Afra zusammen und fördert dessen Schüler und Schülerinnen. Die Bewerbungen erfolgen in der Regel auf Vorschlag von Lehrern oder Dozenten.

Zu einer vollständigen Bewerbung gehören ein Motivationsschreiben, ein ausführlicher Lebenslauf, die beiden letzten Zeugnisse sowie ein internatlicher und ein gymnasialer Entwicklungsbericht der Schule Sankt Afra. Wann der Einsendeschluss für die jeweilige Bewerbungsrunde ist, sollte bei der Internatsleitung erfragt werden. Das Landesgymnasium Sankt Afra schickt alle ausgewählten Bewerbungen gebündelt  an die Mathias Kleyboldt Stiftung.

Das Auswahlverfahren findet jährlich Anfang Mai in Sankt Afra statt. An diesem Tag führt jeder Bewerber zwei Gespräche mit jeweils einem Kuratoriumsmitglied der Stiftung und einem Lehrer von Sankt Afra.